История библиотеки неразрывно связана с историей университета.

1935 г. | В сентябре 1935 г. была организована библиотека на базе книжного фонда Новосибирского института усовершенствования врачей. Фонд библиотеки насчитывал 2351 экземпляров книг. Первыми читателями библиотеки были 127 студентов переведенных из Омского и Томского медицинских институтов. Первой заведующей библиотекой и первым библиотекарем была Анна Александровна Зефирова. Судьба ее трагична: в 1937 году она была объявлена врагом народа и арестована, о дальнейшей ее судьбе ничего не известно.
1937-1947 гг. | Заведующей библиотекой была Евгения Яковлевна Кулагина. Фонд вырос до 13 тыс. экз., в библиотеке трудились 5 библиотекарей.
1937 г. | Библиотека переехала в более благоустроенное помещение – особняк на ул. Ядренцевской (бывшее японское консульство), чуть позже – в главный корпус института, на Красный проспект.

1941 г. | Книжный фонд составлял 36 тыс. экземпляров. В годы Великой Отечественной войны продолжалась подготовка врачебных кадров. Сотрудники библиотеки ходили в госпитали, организовывали библиотеки – передвижки, читали бойцам книги, ухаживали за ними.

1946 г. | Книжный фонд библиотеки составлял 44 тыс. экземпляров. По окончании войны библиотека получила большое количество трофейной литературы - замечательно изданные книги конца 19 - начала 20 вв.

1947-1958 гг. | Заведующим библиотекой был Израиль Абрамович Гольдберг. В это время складывается система каталогов и картотек, совершенствуется расстановка фонда, ведется его интенсивное комплектование. Книжный фонд вырос до 67 тыс. экземпляров. Библиотека получила дополнительную площадь в морфологическом корпусе института, где был организован абонемент учебной литературы и студенческий читальный зал на 90 мест. Библиографы приступили к созданию предметной картотеки «Медицина».

1958-1979 гг. | Заведующей библиотекой назначена Нина Константиновна Шмакова, одаренный человек, талантливый организатор. Под руководством Нины Константиновны был разработан первый тематический план комплектования библиотеки, создан библиотечный Совет в состав которого входили преподаватели и студенты, составлены библиографические указатели в помощь научному и учебному процессам.

1963 г. | Выделен фонд открытого доступа справочно-библиографических изданий.

1964 г. | Для преподавателей и научных сотрудников организован читальный зал на 80 посадочных мест, в самостоятельное структурное подразделение библиотеки выделен библиографический отдел.

1965 г. | Впервые включены в учебное расписание занятия со студентами, аспирантами и факультетом усовершенствования преподавателей по основам библиотечно-библиографических знаний.

1968 г. | Проведен первый «День информации» для преподавателей.

1970-1980 гг. | Штат библиотеки увеличился до 33 сотрудников, Книжный фонд насчитывал более 500 тыс. печатных единиц. Создан генеральный алфавитный каталог, картотека «Труды ученых института». Введен единый читательский билет.

1979-1982 гг. | Сменилось две заведующие библиотекой: Бережная Лидия Валентиновна и Ануреева Татьяна Петровна.

1983-1994 гг. | Библиотекой руководила Татьяна Витальевна Щербакова. Опыт других библиотек внедряется в работу: в комплектовании появились рейтерные картотеки, в обслуживании студентов – картотека обеспеченности на рейтерах, в работе с документацией – номенклатура дел. Ежегодно приобреталось более 25 тыс. экземпляров печатных изданий. Проведено большое списание устаревшей литературы. Фонд составил 374 тыс. экземпляров. Штат – 37 человек.

1992 г. | Организован отдел гуманитарной литературы.

1995 г. | Директором библиотеки назначена Вера Павловна Половникова.

1997 г. | Приобретен первый компьютер.

1998 г. | Библиотека подключена к сети Интернет.

2000 г. | Приобретено программное обеспечение АБИС «МАРК».

2001 г. | Компьютерный парк библиотеки составляет 11единиц; организованы шесть автоматизированных рабочих мест для библиотечного персонала; создаются собственные базы данных: электронный каталог на новые поступления, статьи, диссертации, авторефераты; благотворительный фонд Потанина наградил библиотеку дипломом и денежной премией за высокие стандарты образования и поддержку талантливой молодежи.

2003 г. | Организован отдел автоматизации; приступили к созданию базы данных «Труды НГМА».

2004 г. | Введено дифференцированное обслуживание читателей на абонементе учебной литературы. Выделен абонемент для студентов 1–2 курсов.

2005 г. | Произошел пожар в морфологическом корпусе, уничтожена часть фонда учебного отдела и обменно-резервного фонда; учебный отдел и обменно-резервный фонд после пожара перевезен в лабораторный корпус; проведена юбилейная конференция, посвященная 70-летию библиотеки НГМА.

2006 г. | Закуплена автоматизированная библиотечная система ИРБИС; проведена конвертация библиографических записей из АБИС «МАРК».

2007 г. | Открыт читальный зал учебной литературы на 30 посадочных мест в лабораторном корпусе.

2008 г. | Библиотека стала участницей межрегиональной корпорации медицинских библиотек по созданию «Сводного каталога периодики и аналитической росписи по медицине» (электронная база данных Med Art); началась подготовка к электронной выдачи на учебном абонементе: штрихкодирование книжного фонда.

2009 г. | Объединены фонды читального зала медико-биологической литературы и читального зала гуманитарной литературы; проведен ремонт в помещениях библиотеки главного корпуса.

2010 г. | Реорганизован книжный фонд в связи с сокращением площадей.

2011 г. | Автоматизирована книговыдача на учебном абонементе.

2012 г. | Автоматизирована книговыдача в студенческом читальном зале.

2013 г. | Зарегистрирована электронная библиотечная система Новосибирского государственного медицинского университета (ЭБС НГМУ) в Федеральной службе по интеллектуальной собственности и в Федеральной службе по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций.

2014 г. | Директором библиотеки назначена Мишкичева Лариса Юрьевна.

2015 г. | Открыт зал электронной библиотеки на 24 автоматизированных рабочих места, оснащенный современными компьютерами с сенсорными экранами, изолированными рабочими местами для пользователей. На базе зала электронной библиотеки возобновлены занятия со студентами по формированию информационной культуры, проводятся обучающие мероприятия для преподавателей в рамках занятий высшей школы преподавателя.

2016 г. | Реорганизация фондов и отделов обслуживания библиотеки в связи с переездом из главного корпуса НГМУ в помещения лабораторного корпуса и учебного корпуса №5. Расформирован читальный зал учебной литературы, объединены абонементы для старших и младших курсов. По итогам рейтинга 2016 года проводимого общественной организацией «Академия доказательной медицины» по уровню оснащенности электронными ресурсами и их продвижению в информационно-образовательной среде вуза, библиотека НГМУ вошла в топ-десятку лидеров, заняв десятое место среди 53 библиотек медицинских факультетов и вузов России. Выпускные квалификационные работы студентов передаются в ЭБС НГМУ.

2017 г. | Первого сентября читальный зал и абонемент гуманитарной литературы были открыты для читателей. Прекращена эксплуатация модуля веб-ИРБИС и введена в работу электронно-библиотечная система, разработанная специалистами НГМУ, которая выполняет в том числе функции электронного каталога. По итогам рейтинга 2017 года проводимого общественной организацией «Академия доказательной медицины» по уровню оснащенности электронными ресурсами и их продвижению в информационно-образовательной среде вуза, библиотека заняла 19 место среди 53 библиотек медицинских факультетов и вузов России.
2018 г. | По итогам рейтинга 2018 года проводимого общественной организацией «Академия доказательной медицины» по уровню оснащенности электронными ресурсами и их продвижению в информационно-образовательной среде вуза, библиотека заняла 14 место среди 53 библиотек медицинских факультетов и вузов России.

2018-2019 гг. | В рамках проекта Национальной подписки и при финансовой поддержке Министерства образования и науки библиотеке предоставлены доступы к международной реферативной системе научного цитирования Web of Science, к базе данных международных индексов научного цитирования Scopus, к зарубежным электронным ресурсам издательства Springer Nature и базам данных издательства Elsevier.

2019 г. | По итогам рейтинга 2019 года проводимого общественной организацией «Академия доказательной медицины» по уровню оснащенности электронными ресурсами и их продвижению в информационно-образовательной среде вуза, библиотека заняла 16 место среди 53 библиотек медицинских факультетов и вузов России.